Eigentlich hätte das Schreiben des Landgrafen an Philipp Melanchthon mit der Zeile „[...] zumal wir erachten, dass Ihr der Förderung eines solchen guten Werks nicht abgeneigt seid“ (Bl. 164v) enden sollen. Dank der Überlieferung des Briefs im Konzept kann man gut erkennen, dass der Schreiber an dieser Stelle bereits zu der Schlussformel angesetzt hatte: „So wollen wir sollichs in Gnade gegen Euch jederzeit erkennen.“ Er strich diese Zeile aber wieder aus und fügte noch einen ganzen weiteren Abschnitt hinzu.
Das Schreiben hatte bis zu dieser Stelle berichtet, dass der Landgraf in Marburg eine Universität gegründet hatte, dass sich diese Hochschule bis dato nicht wie erhofft entwickelt hatte und dass man eine Schrift mit Verbesserungsvorschlägen entworfen hatte, die Melanchthon nun begutachten sollte.
Die Gründung der Universität Marburg war 1527 erfolgt, sie bestand aus vier Fakultäten – Artistenfakultät, Theologie, Jurisprudenz und Medizin – und war von einem vorbereitenden Pädagogium und einem Stipendiensystem flankiert, das den Universitätsbesuch finanziell ermöglichen sollte. Nach dem Vorbild der Universität Heidelberg, wo dasselbe 1545 geschehen war, veranlasste der Landgraf 1546 eine Art „Monitoring“ des bislang Erreichten: Alle vier Fakultäten wurden aufgefordert, sich bis zum 1. März darüber zu äußern, was in ihren Fachbereichen verbesserungswürdig sei. Die Stellungnahme der Professoren der Theologie ist erhalten: Wie kaum verwunderlich, sahen sie die Mängel weniger in ihrer eigenen Fakultät, als vielmehr bei der Studierfähigkeit der Studenten, der Strukturierung des Studiums und dem Funktionieren des Stipendienwesens. Was sie schilderten, zeigt, dass das System erhebliche Anlaufschwierigkeiten aufwies: Bei der Auswahl der Stipendiaten, die den lokalen Amtsträgern im Land übertragen war, wurden die Vermögenden bevorzugt, die Studenten kamen mit höchst unterschiedlichen Vorkenntnissen nach Marburg, wohnten in Privatunterkünften, hörten zu viele und zu wenig aufeinander abgestimmte Vorlesungen und zeigten am Pfarrerstand wenig Interesse. Um Abhilfe zu schaffen, schlugen die Professoren vor, die einzelnen Institutionen – Pädagogium, Artisten- und Theologenfakultät sowie die Stipendienstiftung – besser zu verzahnen. Sie wären nicht standesbewusst gewesen, wenn sie dabei nicht auch zugleich ihren Vorrang gegenüber den anderen drei Einrichtungen betont hätten. Ihr Gutachten wurde anschließend den landesherrlichen Räten zur Stellungnahme vorgelegt, die allzu weit gehende Forderungen der Theologen, wie die nach der Ernennung der Lehrer im Pädagogium, wieder strichen. Dafür fügten sie eigene hinzu, die die finanzielle Ausstattung der Pfarreien und das heikle Problem betrafen, dass der Landgraf selbst am üblichen Auswahlverfahren vorbei Stipendien „freihändig“ vergab. Dieses überarbeitete Memorandum („Bedenken“) wurde mit dem vorliegenden Schreiben schließlich Melanchthon vorgelegt, mit der Bitte, seine Meinung und seinen Rat dazu mitzuteilen.
Mit diesem Auftrag ließ es der Landgraf aber eben nicht bewenden. Denn der Schreiber fügte anstelle der bereits geschriebenen Schlussformel noch einen zweiten Auftrag hinzu: Abgesehen von dem mitgesandten Gutachten gebe es in der Universität überhaupt „allerlei Gebrechen und Mängel“, und der Landgraf wolle gerne zu diesen und vielen anderen Punkten Melanchthons Rat einholen. Melanchthon möge deshalb nach Hessen kommen und zusammen mit den landesherrlichen Räten dafür sorgen, dass hierüber das Beste beschlossen werde. Das sei ein gutes und gottgefälliges Werk. Erst jetzt folgt die den Brief abschließende Schlussformel: „Dafür wollen wir uns auch jederzeit Euch gegenüber in Gnade erkenntlich zeigen.“ Im Nachsatz wurde so aus einem begrenzten Auftrag die Bitte um Melanchthons Mitwirkung bei einer Reform der Universität „im Allgemeinen“. Offensichtlich zweifelte der Landgraf am Reformwillen und der Selbstreformfähigkeit der Universität und hätte deshalb gerne die persönliche Anwesenheit des Wittenberger Professors in Hessen gesehen. Melanchthon, der „praeceptor Germaniae“, besaß nicht nur als Philologe und Humanist einen hervorragenden Ruf, sondern auch als enger Mitarbeiter Luthers und kluger Reformer der Universität Wittenberg. Sein Votum hätte man nur schwer übergehen können.
Doch Melanchthon zeigte nur wenig Interesse daran, nach Hessen zu kommen, und schlug die Bitte höflich aus. Das hessische Gutachten las er zwar durch und sandte es wieder zurück, aber nur an einer einzigen Stelle brachte er eine Anmerkung an: In der Frage der landesherrlichen Protektion von Stipendiaten schlug er die salomonische Lösung vor, solche Empfehlungen zuzulassen, die so Empfohlenen aber wie alle anderen Kandidaten einer Prüfung zu unterziehen – und gegebenenfalls ohne Rücksicht auf den Empfehlenden abzulehnen. Auf der Grundlage dieser Stellungnahmen arbeiteten die landesherrlichen Räte schließlich die Stipendiatenordnung von 1546 aus, die den benannten Mängeln entgegensteuern sollte und sich auch am Vorbild der entsprechenden Ordnung aus Wittenberg orientierte. Es blieb also bei der „kleinen“ Reform des Stipendienwesens, die die Marburger Professoren vorgeschlagen hatten. Aus dem Wunsch nach einer „großen“ Reform der „Universität im Allgemeinen“, den der Landgraf nachgeschoben hatte, wurde nichts, weil noch in demselben Jahr der Schmalkaldische Krieg ausbrach, aber sicherlich auch deshalb, weil sich Melanchthon einer persönlichen Mitwirkung daran entzog. Vielleicht hatte man den Wunsch nach seiner Anwesenheit in Hessen aber auch deshalb nur zögerlich formuliert, weil man bereits ahnte, dass er nicht realistisch war.
Aber auch die „kleine“ Reform war eine wichtige: Da nahezu alle hessischen Theologiestudenten auch Stipendiaten gewesen sein dürften, zielte sie auf den Kernbereich der Theologenausbildung in Marburg. Dem Vorschlag der Professoren folgend, wurden die Stipendiaten mit der Ordnung von 1546 in einem Kollegium zusammengefasst, in dem sie gemeinsam wohnten und gemeinsame Studien betrieben und dabei von einem Ephorus, der als Repetent fungierte, angeleitet wurden. Auch das Amt des Präfekten wurde erst jetzt richtig profiliert. Damit wurde eine bis heute bestehende Studieneinrichtung geschaffen (Collegium Philippinum der Hessischen Stipendienanstalt). Und man war in Hessen sehr stolz darauf, dass Melanchthon an dieser Reform beteiligt war, bzw. – was vielleicht sogar noch wichtiger war – dass die bereits ausgearbeiteten Reformvorschläge seine Billigung gefunden hatten. Denn die Stipendiatenordnung sei, so heißt es in ihrer Einleitung ausdrücklich, mit Rat der hessischen Räte und Theologen und „auch des hochgelehrten Philippi Melanchthonis“ beschlossen worden.